崇禎十五年六月，朝廷提升呂大器進(jìn)京任職，他見朝政日非，天下紛亂，極力推辭。他向皇上提出的辭職理由竟是“本人嗜酒好色貪財(cái)，不堪重用”。直到第二年三月，朝廷一再催促，他才勉強(qiáng)到任。不久即改任南京兵部右侍郎兼管禮部事。

崇禎十七年四月，北都陷落的消息傳到江南，南京大臣商議擁立新君，呂大器支持錢謙益，周鑣，雷演祚的意見，力挺潞王，與張慎言，姜曰廣一道修書史可法，言福王朱由崧有“七不可立”。

但大太監(jiān)韓贊周受鳳陽總督馬士英的委托，在朝堂召集群臣擁立福王，掌管著兵部，禮部?jī)煞酱笥〉膮未笃鞴室鈯檴檨磉t，并拒絕在效忠福王的誓詞上簽字蓋印。

因有馬士英和江北四將的軍隊(duì)支持，福王朱由崧最終還是當(dāng)上了皇帝。于是馬士英，劉孔昭，韓贊周，李沾等“擁福派”獲得了朱由崧的信任，而呂大器則轉(zhuǎn)任吏部左侍郎，顯然沒有得到重用和提升。

定策問題是東林黨人的弱點(diǎn)和軟肋。

由于定策問題，呂大器等東林黨人處于一種極為尷尬的境地，雖然弘光帝朱由崧待人謙和，從未出言責(zé)難，但東林黨人立身朝堂，卻再也難以做到坦然自若，理直氣壯了。呂大器恨透了“攪屎棍”馬士英，但猶如啞巴吃黃連，卻有苦說不出。

有馬士英在背后撐腰，四品小官李沾也神氣起來，他不滿意吏部尚書張慎言起用人事干部王重，竟遷怒于呂大器，多次找碴子欺辱，這讓性格暴烈的呂大器肚皮都快氣爆了。

如今，呂大器眼見這伙奸邪小人擠走了史可法，擠走了張慎言，擠走了路振飛，現(xiàn)在又舉薦閹黨分子阮大鋮，看來逆案中人一個(gè)個(gè)都將被起用，東林黨人快沒有活路了。

忍氣吞聲多日的呂大器終于忍無可忍，他干脆孤注一擲豁出去了，用了一個(gè)晚上的時(shí)間，奮筆疾書，寫出一篇義正辭嚴(yán)，火藥味十足的奏疏，呈送給弘光帝。

這篇奏疏的名字叫做《劾馬士英賣官鬻爵疏》，內(nèi)容那是相當(dāng)?shù)慕o力：

“近年來溫體仁，周延儒把持朝政，造成國家如此危難的局面，幸有陛下您臨危受命，中興大明，一時(shí)豪杰云集，人人振奮，不料馬士英濁亂朝政，顛倒黑白，竟然禍害國家。馬士英不就是當(dāng)年挪用公款，貪贓行賄被定罪充軍的宣府巡撫嗎？后來是誰不長眼起用他當(dāng)上了鳳陽總督呢？《逆案》一書，是先帝欽定的，而馬士英竟悍然不顧，硬要掀翻，他眼里哪有先帝，更別說陛下了！

“請(qǐng)問馬士英有何功勞？竟敢私離汛地，擁兵入朝，入閣拜相，封妻蔭子。他的兒子乳臭未干，就堂而皇之授任都督，他的親信田仰從沒帶兵打過仗，卻派往淮揚(yáng)擔(dān)任巡撫，獨(dú)當(dāng)一面，他的親戚楊文驄，越其杰也都是先帝年代的罪臣，今天都攀援馬士英的關(guān)系走上了領(lǐng)導(dǎo)崗位。馬士英賣官鬻爵，結(jié)黨營私，到了何等猖狂的地步啊！”

弘光帝朱由崧看過奏疏，并沒有動(dòng)怒，他對(duì)呂大器本無好感，因此只說了聲“朕知道了，希望眾大臣和衷共濟(jì)，體察朕心”，就沒了下文。

可馬士英得知了《劾馬士英賣官鬻爵疏》的內(nèi)容，卻驚出一身冷汗，因?yàn)閰未笃鹘野l(fā)的種種不法行為，都是和尚頭上的虱子，明擺著，無法抵賴。

這篇奏疏算是戳到了馬士英的痛處，馬士英遠(yuǎn)遠(yuǎn)望見呂大器，就氣得直喘粗氣。呂大器，算你狠，一旦讓我抓住機(jī)會(huì)，絕不輕饒你！

可馬士英的氣還沒喘勻和，一件讓他更加吃驚的事情發(fā)生了。吏部左侍郎呂大器只是個(gè)小角色，一個(gè)比呂大器更加兇猛的重量級(jí)人物登場(chǎng)了。

未見其人，先聞其聲，這個(gè)人尚在千里之外的紹興，很多人都已經(jīng)嗅到了強(qiáng)烈刺鼻的火藥味。